Lời mở đầu:
Nước Việt Nam đã bị người Pháp đô hộ khoảng một trăm năm. Gần trăm năm đô hộ tại Việt Nam người Pháp phải đương đầu với nhiều lực lượng kháng chiến chống thực dân không ngừng nghỉ. Truyền thống đấu tranh của dân tộc Việt đã giục giả nhiều thanh niên thiếu nữ yêu nước đã lên đường. Một trong những nhà tranh đấu là ông Trần Hửu Duyên người may mắn được thân cận với Đức Thầy Huỳnh Phú Sổ. Hân hạnh giới thiệu ông Trần Hửu Duyên với cuộc đời kháng chiến chống ngoại xâm, chống bạo lực và tranh đấu cho tự do dân chủ.


Ông Trần Hửu Duyên sinh năm 1920 tại Cần Thơ thuộc miền Tây nam bộ trong một gia đình nho giáo. Ông nội là cụ Trần Châu ở Rạch Đầu Sấu. Cha là cụ Trần Đắc Năng (Trần Văn Dậy – Tám Dậy) Mẹ là bà Huỳnh Thị Quờn.
Năm 1930, ông Trần Đắc Năng tham gia phong trào Cần Vương với ông Trần Ngọc Quế và ông Phạm Văn Đồng. Khi ông Quế bị Pháp bắt đày ra Côn Đảo, ông Tám Dậy bỏ quê trốn đi để lại vợ nuôi bốn con: Con trưởng ông Trần Văn Vịnh, thứ ba là ông Trần Văn Thể, thứ tư là ông Trần Hửu Duyên và em út là bà Trần Ngọc Liên.
Vì hoàn cảnh khó khăn lúc ấy ông Trần Hửu Duyên phải đi làm việc trong nhà máy của Dì Năm Chăn ở Cái Sắn, Rạch Gía được hai mươi đồng mỗi năm gởi về giúp mẹ. Năm mười bốn tuổi, ông đi học thợ máy ở đường Đỗ Hữu Dị, Sài Gòn. Sau bốn năm ông ra trường với bằng sửa chữa cơ khí ông đến chợ Vàm để gặp lại cha và người anh thứ ba mua lại nhà máy xay lúa của ông Cả Lân đã hư bỏ. Họ đã bỏ công sửa chữa lại máy móc và bắt đầu xay lúa cho đồng bào ở đó.
Từ đó gia đình ông sống tại chợ Vàm cho đến cuối năm 1939 một sự kiện làm thay đổi cuộc đời ông. Trong khi xay lúa cho dân làng có người cho biết ở làng Hòa Hảo có Ông Đạo mới ra đời chữa bịnh rất hay. Vì hiếu kỳ ông và người anh đã đi xe đạp đến làng Hòa Hảo. Khi đến nơi ông nhận thấy bệnh nhân rất đông với nhiều chứng bịnh khác nhau đều được chữa khỏi. Vì thế tuần nào ông cũng đạp xe đến Hàm Luông xem ông đạo chữa bệnh. Ông thấy các bệnh nhân dù ở xa như Ba Răng, Hồng Ngự, Cao Lãnh… Đốc Vàng đều tìm đến. Đặc biệt là những dân chúng gần đó đều mang gạo, muối, khô mắm, rau quả… để người bệnh và người nuôi bệnh ăn.
Nhờ đến Hàm Luông mỗi tuần, ông học được những lời dạy đơn giản và gần gủi của Đức Thầy dần thấm vào sự suy nghĩ mộc mạc của ông như: “Tu đâu bằng tu tại gia; Thờ cha kính Mẹ hơn là đi tu.” Trong lúc chửa bệnh Đức Thầy ân cần săn sóc bệnh nhân như người thân làm họ kính trọng Ngài như thánh sống. Ngoài đời sống đạo đức và cách xử thế, Đức Thầy còn dạy cho ông tinh thần phục vụ, tình yêu quê hương, và bổn phận công dân phải đền ơn Tổ Quốc bằng cách chống ngoại xâm dành độc lập. Đức Thầy giảng đạo bằng thơ nên ông thấy dể hiểu như người trong bóng tối được kéo ra ánh sáng. Ông đã theo Đức Thầy Huỳnh Phú Sổ từ đó. Sau này Đức Thầy thường giao cho ông công tác liên kết những nhà cách mạng trong nước vì ông là người thành thật, trung thành, gan dạ, không sợ gian khổ, có óc tổ chức, khả năng và sẳn sàng hy sinh cho đại cuộc.
Năm 1940, tiếng đồn Đức Thầy vang dội khắp nơi, người Pháp cho người giả dạng theo dõi và bắt Đức Thầy vì sợ ảnh hưởng của Ngài lên người dân nam bộ. Ông Duyên bỏ trốn lên Sài Gòn
mở tiệm sửa xe Duyên Nghiệp ở gần ngã tư Bình Hòa No 15 Route Provinciale. Năm 1942 ông gặp cô giáo Nguyễn Thị Trầm sau này là vợ ông ở ngã tư Bình Hòa. Cùng thời gian này ông bị công an bắt ông vì tội tham gia Cách mạng với cụ Nguyễn An Ninh. Trong bót lò heo ông bị tra tấn dã man nhưng họ không khai thác được gì nên sau cùng phải thả ông về. Kế đó ông Trần Hửu Duyên cùng bà Nguyễn Thị Trầm trở về quê ở Cần Thơ làm đám cưới rồi trở lại Sài Gòn sinh sống.
Cuối năm 1944 đầu năm 1945 quân Nhật đến Việt Nam, ông sang tiệm trở về miền Tây ở chung nhà với cha mẹ vợ ở ụ tàu Cái Khế. Ngày
7 tháng 3 năm 1945 có lệnh gọi ông lên Sài Gòn để ngày 9 tháng 3 năm 1945 tham dự đảo chính Pháp. Sau đó ông trở về Cần Thơ làm việc.
Khi xuống Bangalo Cần Thơ, Đức Thầy cử ông Chính Thời là văn tướng, ông Trần Văn Soái tự Năm Lửa là võ tướng, ông Võ Mậu Thạnh (tức Hương Bộ Thạnh) cùng nhiều người khác làm tiếp cận, còn ông có bổn phận liên lạc với những tổ chức chống Pháp. Ngày 11 tháng 4 năm 1945, Đức Thầy thành lập Ban Trị Sự Trung Ương Phật Giáo Hòa Hảo tại nhà ông Trưởng Tòa Phê tại Cầu Xéo, Cần Thơ gồm: Ông Ngô Văn Ký, Thượng Tọa Pháp Tri, ông Phan Bá Cầm, Bác Sỹ Lũy, ông Trần Hữu Duyên, ông Lâm Thành Nguyên, ông Trần Duy Đôn, ông Lục Bộ Thạnh, ông Thư Ký Quê, ông Lê Văn Hoạch, ông Năm Lửa, ông Ung Ngọc Dĩ, gồm có tất cả mười hai người để ủng hộ Cách Mạng.
Vào năm 1945 nạn đói hoành hành miền Bắc và miền Trung, trong khi miền Nam người Pháp dùng lúa gạo thay than để đốt chạy máy điện nên gạo mất giá, nông dân không còn hứng thú trồng lúa bỏ ruộng rất nhiều. Đức Thầy tổ chức khuyến nông hai tháng khắp miền tây để giúp nước: 
“Ai ơi đừng bỏ ruộng hoang; Bao nhiêu tất đất tất vàng bấy nhiêu.”
Khi trở về qua cầu Đầu Sấu đậu xe nghỉ, Đức Thầy nói rằng nơi đây là mình con rồng, đuôi ở ngoài bắc, đầu ở núi Cấm. Lúc đó mới biết đất đó của bà Bồi thì cậu Chín Bảo, con trai bà Bồi, xin hiến đất này để cất chùa. Ngoài ra còn có cô Ký Giỏi, cô Cò và nhiều người khác xin phép Đức Thầy để cất chùa. Đức Thầy chỉ cho phép cất sơ sài lợp lá làm bằng tre cau mà thôi. Nhưng tất cả tín đồ đóng góp quá nhiều và cất quá lớn, nên họ dựng phía trong sơ sài bằng tre cau lá mong Đức Thầy vừa lòng. Nhưng khi cô Ký Giỏi mời Đức Thầy vô khánh thành Chùa đến lần thứ ba Đức Thầy mới nói “Mấy người cất lớn quá làm qua mắt tôi nên tôi không vô đâu!” Đến cuối tháng sáu năm 1945, Đức Thầy mở hội nghị tại Cầu Xéo, Cần Thơ tại nhà ông Trưởng Tòa Khuê, mời những nhà cách mạng ở Côn Đảo về như ông Trần Ngọc Quế, ông Nguyễn Thanh Sơn, v.v… Đức Thầy nói với tất cả tín đồ phải ủng hộ những nhà cách mạng này.
Khi Nhật đầu hàng đồng minh ông gặp Đức Thầy ở đường Michel, Sài Gòn. Ngày 19 tháng 8 năm 1945 ông tham gia hội nghị với những nhà Cách Mạng lập Mặt Trận Việt Minh (Việt Nam Độc Lập Đồng Minh Hội). Hội nghị bầu đồng chí Tư, tức Đức Thầy Huỳnh Phú Sổ, làm chủ tịch Mặt Trận Việt Minh. Đức Thầy lấy trường vẽ Gia Định và Tòa tỉnh trưởng Gia Định và các cơ quan chính quyền để làm nơi ở tạm cho tín đồ và chứa vật liệu. Hội nghị đã chọn cờ đỏ sao vàng là cờ Mặt Trận. Đức Thầy giải thích rằng Đỏ là màu tranh đấu tượng trưng cho xã hội, Vàng tượng trưng dân tộc Việt Nam, Ngôi Sao năm cánh tượng trưng cho Sĩ – Nông – Công – Thương – Binh. Cờ kéo lên nắm tay lại chào thử. Sau đó Đức Thầy thành lập dân quân cách mạng gồm bốn sư đoàn của Việt Minh. Đệ I sư đoàn: ông Trần Văn Giàu và ông Điều Văn Cung; Đệ II sư đoàn: ông Vũ Tam Anh-Cao Đài; Đệ III sư đoàn: ông Nguyễn Quốc Hiệp-Việt Nam Quốc Dân Đảng; Đệ IV sư đoàn: ông Lý Hoa Vinh và ông Trần Hửu Duyên-Phật Giáo Hòa Hảo chuẩn bị ra mắt. 
Ngày 2 tháng 9 năm 1945, theo kế hoạch ông Hồ Chí Minh đọc tuyên ngôn độc lập tại Ba Đình Hà Nội vào buổi sáng, Đức Thầy Huỳnh Phú Sổ đọc tuyên ngôn độc lập tại Sài Gòn vào buổi chiều. Khoảng 4 giờ chiều tất cả các sư đoàn biểu dương lực lượng, đệ I sư đoàn đóng tại ngã ba đường Norodom, đệ II sư đoàn của Cao Đài đóng tại đường Pasteur và Norodom, đệ III sư đoàn của Việt Nam Quốc Dân Đảng đóng kế đó, đệ IV sư đoàn đóng bên hông nhà thờ Đức Bà gồm những tín đồ Phật Giáo Hòa Hảo do ông Hồng Văn Hoạch đứng đầu cầm cờ. Lúc 5 giờ chiều trên lầu xung quanh lực lượng súng nổ vang trời bắn vào các sư đoàn. Các sư đoàn I II và III giải tán chỉ còn lực lượng của Phật Giáo Hòa Hảo. Ông Duyên ra lệnh ông Hoạch phải cầm cờ tiếp tục đi về Gia Định trong vòng trật tự.
Khi đoàn quân đại diện của đệ IV sư đoàn về đến đường Michel đã thấy Đức Thầy đứng đón làm mọi người rất cảm động; Đức Thầy ra lệnh kéo quân về trường vẽ Gia Định để giải tán. Ông đến đường hẻm cá hấp lấy phòng ngủ Đoàn Thành làm văn phòng điều tra bắt Việt gian.
Đến ngày 4 tháng 9 năm 1945 Đức Thầy mở hội nghị tại trường vẽ Gia Định gồm tất cả các tôn giáo, đảng phái. Mật hiệu là chào nắm tay như thường lệ nhưng đưa một ngón tay mới được vào phòng họp. Hội nghị bàn bạc rất sôi nổi, ông Trần Văn Giàu hỏi Đức Thầy: “Đồng chí T dùng người dốt nát sao làm việc được” Đức Thầy trả lời rằng: “Mấy anh ra trước lựa người giỏi hết rồi, tôi ra sau phải dùng người dốt nát chứ sao; như rác quét gom lại, khi có gió thì đụng đầu ai đáp nấy”. Ngay lúc đó sau hội trường có cờ đỏ búa liềm kéo lên, trong hội trường vang rền tiếng đả đảo nên cờ này kéo xuống. Mọi người biết rằng Cộng Sản đã có trong tổ chức rồi. Đây cũng là một trong những lý do những tổ chức yêu nước không cộng sản sau này rời bỏ tổ chức Việt Minh và thành lập những lực lượng chống Pháp khác.
Tối ngày 8 tháng 9 năm 1945 ông Trần Ngọc Hoành và em Đức Thầy là ông Huỳnh Thành Mậu từ Cần Thơ lên, ông Duyên hỏi “Cậu Sáu đi đâu?” Cậu Sáu Mậu liền nói ông đi đổi giấy bạc năm trăm đồng. Ông Duyên vào thưa với Đức Thầy có Cậu Sáu lên. Kế đó có ông Nguyễn Xuân Thiếp tức Việt Châu đến. Ba người nói chuyện riêng với nhau sau đó họ trình Đức Thầy là họ sẽ đi Cần Thơ. Đức Thầy cười nói chuyến đi này may ít rủi nhiều. Kế đó ông Rớt tức Trần Văn Tươi cũng đến rồi bốn người cùng đi Cần Thơ. Ngày 9 tháng 9 năm 1945 Cần Thơ nổi loạn, bốn người này bị bắt cùng với nhiều tín đồ Phật Giáo Hòa Hảo. Trong lúc đó tại Sài Gòn, ông Trần Văn Giàu bao vây đường Michel để bắt Đức Thầy nhưng ngài đã thoát được và ông Duyên đưa Đức Thầy đi về miền Đông. Trên đường đi ông nghe Thầy than rằng:
 “Trên lầu tiếng súng nổ vang tai, Trời đất phụ chi kẻ trí tài. Mưu quốc hóa ra người phản quốc, Ngàn thu mối hận dễ nào phai.” 
Ông đưa Đức Thầy đến Bà Rịa để trú tạm nhà ông Bang người tàu. Đức Thầy dặn dò ông trở về Sài Gòn hoạt động. Ngày 23 tháng 9 năm1945 thực dân Pháp đổ bộ lên Sài Gòn, ông Huỳnh Văn Trí rước Đức Thầy vô chiến khu. Vì vậy khi ông Dương Bạch Mai, giám đốc công an của ông Trần Văn Giàu tìm đến nhà ông Bang để bắt Đức Thầy nhưng thất bại. Tại Sài Gòn tín đồ Phật Giáo Hòa Hảo bị bắt rất nhiều. 
Cùng lúc ấy quân Pháp đổ bộ ồ ạt, ông cùng với anh em cách mạng yêu nước có các ông Lê Duẩn, ông Trần Quốc Bửu… tổ chức đánh du kích ở Thành. Ông Trần Văn Giàu lập Chính Phủ Nam Bộ Kháng Chiến rút về Bình Điền. Khoảng tháng 10 năm 1945, ông Giàu ra lệnh tiêu thổ kháng chiến. Ông Duyên cùng anh em rút về miền Tây. Trên đường đi được tin tín đồ Phật Giáo Hòa Hảo được thả về như ông Lý Bá Phẩm, Thượng Tọa Pháp Tri… cũng về miền Tây một số khác theo Đức Thầy vô miền Đông. 
Ông Duyên mang theo một số súng lấy được khi Nhật đầu hàng và những tài liệu của Việt Minh về Bình Điền gặp ông Giàu đóng tại chợ đệm đang xử vụ án ông Bùi Văn Chiêu chú ông Khuê. Thấy họ bắn ông Bùi Văn Chiêu một cách tàn nhẩn nên ông lái xe đi Cần Thơ. Khi tới Long An thì bị anh em du kích bắt nhốt. Khoảng một giờ khuya có một số anh em mở cửa biểu ông chạy. Thì ra trong mặt trận Việt Minh lúc bấy giờ vẫn còn nhiều thành phần không Cộng Sản chưa kịp ly khai họ nhận ra tín đồ Phật Giáo Hòa Hảo nên cứu giúp. 
Ông chạy theo đồng bào từ Long An về Cái Vồn Cần Thơ gặp thầy thuốc Thiều đậu ghe ở đó mời ông dùng cơm. Sau đó về nhà tại Đầu Sấu gặp vợ con lúc chạng vạng. Chưa kịp nghĩ ngơi đã bị cả trăm người của ông Trần Văn Giàu vây bắt với tội danh Nhật Bổn sau đó họ qua bắt chú ông là ông Mười Phát, thủ lảnh Thanh Niên Tiền Phong, đem nhốt vào khám Cái Răng một đêm.
Sáng hôm sau ông bị giải ra Cần Thơ giao cho Quốc Gia Tự Vệ Cuộc. Tại đây ông gặp ông Đào Văn Khang, ông Tảo, ông Lê Bình, ông Cao Minh Lộc và rất nhiều anh em từ Sài Gòn về. Trong buổi cà phê sáng họ nói “Tụi tui mời anh ra đây là để xin súng của Nhật”. Ông còn một số súng của Nhật từ ông Phù-Ta-Chú trao cho nên chia cho anh em còn lại ông dùng tổ chức đại đội du kích. 
Khi Tây đổ bộ Cần Thơ, Quốc Gia Tự Vệ Cuộc đóng tại Phong Điền, ông cùng đại đội đánh du kích mỗi đêm ở Cần Thơ. Trước khi tấn công, du kích quân đốt pháo tre uy hiếp cho Tây hoảng sợ. Có lúc ban ngày chận tại cầu Đầu Sấu để liệng lựu đạn. Một buổi sáng lính Tây đổ bộ vô rạch Đầu Sấu lùng bắt kháng chiến quân. Vợ ông liều lĩnh ra nói chuyện với lính Tây họ thấy bà thông thạo Pháp văn nên đối xử lịch sự sau đó bà cố tình đưa họ qua sông để cứu anh em du kích. Khi lính Tây trở lại thì ông và đại đội du kích đã rời xa và lập kế Hoạch để đánh trận chợ Cái Răng. 
Theo kế Hoạch, 7 giờ sáng ngày 11 tháng 11 năm 1945, ông Lê Bình chỉ huy một cánh quân hóa trang thành lái heo. Ông Duyên ủ một cánh quân núp ở ghe chài tại nhà cá Cái Răng sau đó ông lên chợ đứng trước văn phòng xin hồi cư, quan ba Tây hỏi ông đi mấy người ông trả lời bằng tiếng Quảng Đông nên quan ba vào trong gọi thông ngôn. Khi người Tây và người thông ngôn bước ra, ông Lộc liền bắn quan ba Tây và người thông ngôn. Trong lúc hổn loạn ông Lê Bình hạ cờ Pháp xuống, kéo cờ đỏ sao vàng lên. Lính Tây bắt đầu phản ứng bắn rát quá ông Tảo chạy xuống ghe bị bắn chết tại góc Cầu Móng. Ông Lê Bình chết tại cột cờ, ông Lộc chết ở nhà dài chợ. Lúc đó lính Tây đổ bộ càng lúc càng đông nên anh em phải rút lui và bị chết rất nhiều. Ông Duyên may mắn lên được ghe, cắm cờ Tàu, chèo về đầu Sấu. Ông nhìn qua ống nhòm, thấy Tây bắn giết người mình chất xác hàng chục xe bò đem đổ xuống đầu cầu tàu Cái Răng. Chiều tối ông về Phong Điền kiểm lại số anh em, tập hợp nông dân du kích, thành lập đoàn cảm tử Lê Bình. Khi Pháp dùng máy bay yểm trợ quân Pháp hành quân bắn chết nhiều dân tản cư, Quốc Gia Tự Vệ Quốc rút về Vị Thanh Hỏa Lựu. Ông Duyên lội bộ qua Vàm Sán gần một ngày thì gặp ghe của bác sĩ Lê Văn Hoạch nên xuống ăn cơm trưa. Ông chờ đến hai giờ khuya mới tiếp tục đi thì gặp một xác chết trần truồng nổi lềnh bềnh. Ông liền kéo lên bờ cởi áo đắp cho người chết. Mấy anh em đoàn cảm tử Lê Bình đi tìm xác thấy giấy tờ tên Trần Hửu Duyên, chỉ huy đoàn cảm tử Lê Bình, nên đem xác về chôn cất và truy điệu tại Phong Điền. Năm 1959, ông về Cần Thơ ứng cử Quốc Hội khóa II của chính phủ Ngô Đình Diệm làm anh em rất ngạc nhiên.
Khoảng năm 1953, ông trở về nhà chở vợ con tản cư qua Hỏa Lựu. Tại đây họp bàn với lực lượng kháng chiến sẽ đánh Cái Tắc đầu năm sau. Tháng giêng tây gần tết ta, ông trở về Cái Tắc thăm dò thì bị Tây bắt. Vợ ông gặp ông Lý Bá Phẩm đang làm thông ngôn cho Tây để nhờ nhưng ông Phẩm từ chối. Tây nhốt ông tại nhà do họ chiếm làm doanh trại. Mổi ngày ông chứng kiến Tây giết người Việt mình. Đêm mùng năm tết, Tây đến để xử xem sẽ bắn ai tiếp, một thầy đội người Miên bán nước đá tại Cần Thơ biết ông nên nói với lính Tây là ông này tốt với tôi ngày xưa, lính Tây không bắn ông Duyên nhưng nhốt ở đó ba ngày. Sau đó họ được lệnh ra Điện Biên Phủ nên đưa ông về Cần Thơ bằng ghe và nhốt vào khám bốn.
Lúc đó bác sĩ Lê Văn Hoạch làm bí thư cho Demontegui ở Cần Thơ nên vợ ông nhờ ông Hoạch bảo lãnh dùm. Ngày hôm sau bác sĩ Hoạch làm bảo lãnh và khuyên ông ở lại làm việc cho Pháp nhưng ông từ chối. Vợ ông nhờ bạn học đang làm việc cho Pháp làm cho hai giấy thông hành dùng ghe tam bản trốn lên Sài Gòn. Vợ chồng ông đi đến Sa Đéc đậu ghe ở bến chợ, vợ ông làm kẹo bán còn ông lên Sài Gòn xem xét tình hình. Thấy Sài Gòn yên tỉnh ông trở lại Sa Đéc đem vợ con, một người em trai cùng mấy người bạn chèo ghe lên Sài Gòn. Đoàn người đậu xe tại chợ Cầu Ông Lãnh. Ông bán ghe tam bản rồi chia cho hai người bạn đi theo hai trăm đồng, em trai ông một trăm đồng, còn hai trăm đồng còn lại cho vợ chồng ông. Tại đây ông gặp lại các đồng chí cũ như ông Tường tức Tồn, ông Thìn, ông Mười Vân, ông Tuân và nhiều anh em khác…. Sau đó ông liên lạc với ông Huỳnh Hửu Nghĩa đang bị Tây theo dõi nên cùng ông lẫn trốn. Ông mướn nhà ở hẻm số bốn để vợ ông làm bánh ú và bánh tét bán sống qua ngày. Một hôm ông lại bị mật báo Tây bắt giam ở quận hai tháng mới được thả về.
Khoảng năm 1946, Đức Thầy cho người tìm và ra lệnh cho ông tới nhà cha vợ ông Út - Nguyễn Trọng Luật là người Hoa ở Chợ Lớn gặp Đức Thầy đang giả làm người Hoa. Đức Thầy dạy ông liên lạc với các ông Nguyễn Bảo Toàn, ông Trần Văn Ân, ông Lê Văn Thu và nhiều người khác để thành lập Việt Nam Dân Chủ Xã Hội Đảng chống thực dân. Sau khi viết xong điều lệ của đảng Đức Thầy tuyên bố tìm nhân vật có trình độ để lãnh đạo đảng. Trong hội nghị Đức Thầy tuyên bố cử ông Nguyễn Bảo Toàn tự Nguyễn Hoàng Bích làm Tổng Bí Thư. Nhiều người ngơ ngác vì họ thấy ông Toàn là người Công Giáo và không có bằng cấp hơn họ mới hỏi Đức Thầy. Đức Thầy nói rằng đồng chí Nguyễn Bảo Toàn có thành tích tranh đấu ba năm tù Côn Đảo sau đó Đức Thầy cử ông Nguyễn Bảo Toàn đi Hong Kong để gặp những nhà cách mạng khác. Có người hỏi Đức Thầy “Cờ đảng ra làm sao?” Đức Thầy trả lời “Cờ Quốc Gia là cờ đảng”. Sau đó Đức Thầy trở vô chiến khu lập Mặt Trận Quốc Gia Liên Hiệp. Lúc đó ông ở lại Sài Gòn chỉ nghe nói rằng Mặt Trận Quốc Gia Liên Hiệp cử ông Vũ Tam Anh làm Phó Chủ Tịch, ông Lê Trung Nghĩa là Tổng Thư Ký, còn Đức Thầy làm Chủ Tịch lấy hiệu là Hoàng Anh.
Khoảng năm 1947 ông bị Tây bắt giam ở Quận Tư. Nửa đêm có người tên Công gõ cửa khám kêu ông “Duyên! Duyên! Đồng chí Tư thọ nạn”. Ông liền hỏi “Ai hãm hại?” Ông Công trả lời “Không rỏ!!! đang điều tra” Sau đó ông Duyên bị giải về bót Catina nhốt vào phòng hành hạ, tra tấn dã man; ăn, uống phóng uế tại chổ vô cùng tàn bạo rồi đưa ông qua khám lớn ở đường Gia Long cũ. Tại khám lớn ông gặp Huỳnh Tấn Phát làm trưởng phòng. Ông Phát cho ông một chiếc chiếu, một cái mùng và đồ dùng ăn cơm. Mỗi ngày ông Phát tổ chức diễn thuyết tuyên truyền cho Cộng Sản.
Cuối năm 1947 ông được thả về, chạy cyclo máy ở Sài Gòn. Năm 1948, ông Nguyễn Tấn Cương, giám đốc cảnh sát của chính phủ Trần Văn Hửu mời ông làm chủ tịch mặt trận chi bộ Ngô Quyền. Ông lập văn phòng tại đường Hai mươi. Ông vẫn chạy cyclo máy và được anh em cử làm chủ tịch Nghiệp Đoàn tài xế (cyclo máy, xe cyclo, xe lô, và taxi). Trong thời gian này có vụ “trò Ân” tổ chức bãi thị đình công tại Sài Gòn, yêu cầu Thủ Tướng Trần Văn Hửu thực hiện đường lối dân chủ dân quyền ở Việt Nam. Ông nhớ lời Đức Thầy tuyên bố: “Người dân chống độc tài bất cứ từ đâu đến.” Vì chính phủ Trần Văn Hửu lệ thuộc Pháp nên ông tổ chức chống chính phủ này. Ông bị theo dõi, rượt bắt nên nhờ ông Tôn Ngọc Chắc giúp trốn lên Đà Lạt. Lúc đầu chạy taxi sau làm việc cho trường Quốc Gia Hành Chánh do ông Trần Cửu Chấn làm giám đốc. Năm 1955, ông Kiều Văn Cung lên Đà Lạt mời ông về làm công dân vụ cho chính phủ Ngô Đình Diệm để chiêu hồi những kháng chiến cũ nhưng ông từ chối. 
Kế đó các ông Nguyễn Bảo Toàn và Phan Bá Cầm mời ông về Sài Gòn để tổ chức lại Việt Nam Dân Chủ Xã Hội Đảng. Còn có ông Trương Kim Cù, Tướng Nguyễn Quang Vinh tự Ba Cụt, Tướng Nguyễn Giác Ngộ… để tổ chức thống nhứt đảng. Ông đã tìm gặp ông Võ Văn Chú nhờ đưa ông gặp ông Huỳnh Văn Trí tự mười Trí ở Mộc Hóa. Ông Trí nói với ông rằng: “Anh ráng giữ lập trường cho anh em đừng theo Mỹ Diệm và kiếm địa điểm lập đảng Dân Xã.” Ông Duyên cùng ông Trưởng Khuynh sang căn nhà 480 Hồng Thập Tự nay là Xô Viết Nghệ Tỉnh nhưng không ai chịu đứng tên vì đang chống lại chính phủ Ngô Đình Diệm. Sau cùng nhờ ông Ngô là lính ông Nguyễn Giác Ngộ đứng tên căn nhà lúc đó. Kế đó ông Ba Cụt rút vô chiến khu cùng ông Năm Lửa lập đảng Cáo Thiên Hòa Bình theo Pháp chống lại ông Diệm, lấy danh hiệu Việt Nam Dân Chủ Xã Hội Đảng, với đảng kỳ là cờ vàng ba ngôi sao đỏ. Vì thế ông Nguyễn Bảo Toàn mới bàn với tướng Nguyễn Giác Ngộ lấy nhà ông Ngộ  ở 244 Champagne tức Yên Đổ làm trụ sở Đảng Dân Chủ Xã Hội Việt Nam, lấy cờ đỏ chử vạn vàng làm cờ đảng. Ông Toàn giải thích: “Màu đỏ tượng trưng cho xã hội, chữ vạn vàng tượng trưng theo nhà Phật quay theo chiều kim đồng hồ. Ông Duyên là Ủy viên tổ chức Trung ương nên đi Đà Lạt tổ chức Đảng bộ tỉnh Đà Lạt trụ sở tại số 14 đường Hai Bà Trưng. Ông Nguyễn Phương Toàn được cử làm bí thư tỉnh Đà Lạt, ông Thâm ông Lưỡng ủy viên tổ chức và tuyên huấn và ông Quân là ủy viên.
Năm 1955, ông Nguyễn Bảo Toàn gặp Thủ Tướng Ngô Đình Diệm yêu cầu ông Diệm ra ứng cử phó tổng thống với tổng thống là công dân Vĩnh Thụy tức cựu Hoàng Đế Bảo Đại. Ông Diệm nói: “Tôi sẽ làm Tổng Thống còn ngài ấy là phó Tổng Thống mà thôi.” Sau đó ông Diệm áp lực Tướng Nguyễn Giác Ngộ không cho ông Toàn trở về trụ sở 204 Champagne. Ông Toàn nhờ ông Lê Văn Khanh đưa đi lưu vong ở Nam Vang. Ông Nguyễn Bảo Toàn đã nhờ Quốc Vương Sihanouk giúp ông giấy tờ đi Hoa Kỳ. 
Sau khi ông Toàn qua Mỹ, Ông Nguyễn Giác Ngộ tổ chức Đảng lại do ông Mãi làm tổng bí thư và ông Ngộ làm phó. Họ đã gởi văn thư yêu cầu ông Duyên giải tán đảng bộ Đà Lạt nhưng ông không chịu vì ông chỉ tuân lệnh của Tổng Bí Thư Nguyễn Bảo Toàn mà thôi. Ông dùng văn phòng liên lạc ở 480 Hồng Thập Tự làm trụ sở mời ông Ngô Văn Ký tạm thay Tổng Bí Thư Nguyễn Bảo Toàn. Đến năm 1959 ông Toàn về nước tổ chức đưa người ra ứng cử độc lập Dân Biểu Quốc Hội khóa II thời chính phủ Ngô Đình Diệm gồm có: Ông Nguyễn Bảo Toàn ứng cử đơn vị Long Xuyên, ông Phan Bá Cầm đơn vị Châu Đốc, bà Lê Thị Ẩn đơn vị Kiến Phong, ông Phan Quang Đán quận II Sài Gòn và ông Trần Hửu Duyên đơn vị Cần Thơ. Tất cả mọi người đều bị chính phủ Diệm áp lực rút tên ra khỏi đơn vị ứng cử sau cùng còn lại bà Lê Thị Ẩn ở Kiến Phong, ông Phan Quang Đán ở quận II,  Sài Gòn và ông Trần Hửu Duyên ở Cần Thơ.
Ông đi diễn thuyết và vận động ở bến Ninh Kiều Cần Thơ. Chính phủ Diệm tổ chức Phong Trào Cách Mạng Quốc Gia để quấy phá những ứng cử viên độc lập. Khi ông đang diễn thuyết vận động bầu cử có ông Út Mập, tín đồ Phật Giáo Hòa Hảo ở Xóm Chày, hỏi rằng: “Ông có phải là tín đồ Phật Giáo Hòa Hảo hay đồng chí của Đức Huỳnh Phú Sổ không?” Nghe câu hỏi ông biết rằng đây là cái bẩy của tổ chức Phong Trào Cách Mạng Quốc Gia. Ông liền trả lời: “Tôi chưa xứng đáng là tín đồ hay là đồng chí của Đức Thầy, một tín đồ Phật Giáo Hòa Hảo phải biết lo cho dân cho nước, chứ không phải để cười thuê khóc mướn vì lợi lộc bản thân.” Sau đó ông trở lại Sài Gòn bị xe đụng rất nặng ngất đi ba ngày sau tỉnh lại mới biết ông Toàn và các đồng chí đem vào nhà thương Grall chửa trị. Nhờ các anh em tận tình chăm sóc một tháng sau mới khỏi.
Ngày 4 tháng 11 năm 1960, ông Hoàng Cơ Thụy mời ông Duyên ăn cơm với Trung tá Vương Văn Đông, Trung tá Nguyễn Triệu Hồng, ông Nguyễn Bảo Toàn, ông Phan Quang Đán cùng bà Lê Thị Ẩn. Sau bửa cơm chỉ còn lại ông Toàn, ông Thụy, ông Đông, ông Hồng và ông Duyên. Ông Hồng nóng lòng muốn dẹp bỏ chế độ gia đình trị nên nói chỉ còn cách tổ chức đảo chánh. Các anh em đều đồng ý đề nghị chọn ngày. Ông Duyên nhớ lại ngày 11 tháng 11 năm 1945, Lê Bình và nhiều anh em chết trong trận đánh Cái Răng nên đề nghị chọn ngày này và được mọi người đồng ý.
Một giờ khuya ngày 11 tháng 11 năm 1960, các toán quân đảo chánh bắt đầu hành sự. Hai ông Hồng và Đông sau khi đánh chiếm xong dinh đã mời Đại Tá Nguyễn Chánh Thi ra giữ dinh Độc Lập. Ông Nguyễn Bảo Toàn muốn Tổng Thống Diệm vẫn làm Tổng Thống chỉ bỏ ông bà Nhu mà thôi. Nên sau đó ông Trần Văn Đôn vô dinh để thương thuyết với Tổng Thống Diệm. Đúng 12 giờ trưa ngày 12, Đại Tá Hồ Tấn Quyền, Tư Lệnh Hải Quân, bắn súng phòng không vang trời thị uy và đem quân giải vây cho Tổng Thống Diệm làm tan rã cuộc đảo chánh. Ông Phan Bá Cầm bị bắt tại đường Bùi Hửu Nghĩa, ông Nguyễn Bảo Toàn trốn thoát. Ông Duyên bị dí bắn ở 480 Hồng Thập Tự, ông chạy được vô hẻm số 4 rồi ẩn nấp ở nhà người em. Ban ngày ông vô rạp chiếu bóng ban đêm đọc báo ở bùng binh Sài Gòn. Di chuyển khắp nơi để trốn tránh. Ông không liên lạc được với anh em vì họ đều bị bắt hết. Ngày 8 tháng 7 năm 1963, tòa xử ông Phan Bá Cầm và ông Phan Quang Đán 5 năm Côn Đảo, ông Hoàng Cơ Thụy và ông Trần Hửu Duyên khiếm diện.